3.8.2013 tarih ve 28727 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan Gümrük Yönetmeliği’nde Değişiklik Yapılmasına Dair Yönetmelik kapsamında Gümrük Yönetmeliğinin nihai kullanıma tabi eşya ve teminat ile ilgili 207 nci maddesinin dördüncü fıkrası “(4) İzin hak sahibinin, izin belgesinde öngörülen sürenin sona ermesinden itibaren otuz gün içerisinde izni veren gümrük idaresine müracaatı üzerine yerinde yapılan denetimlere ilişkin bilgilerin yer aldığı, Ek-27’de yer alan Nihai Kullanım Denetim Formu esas alınarak, izin belgesi kapsamına giren işlemler itibariyle ilgili izin hak sahibinin mali kayıtları üzerinden nihai kullanıma konu eşyanın nihai kullanım amacına uygun kullanımda olup olmadığının tespiti ve teminat iadesine ilişkin diğer iş ve işlemler yetkilendirilmiş gümrük müşavirince düzenlenecek rapora istinaden yerine getirilir.” şekilde değiştirilmiştir.
 
Yönetmelikte yapılan bir başka değişiklik ise “nihai kullanım başvuru formu, izin belgesi, izin belgesinin iptali veya değiştirilmesi” başlıklı 208 inci maddesinin yedinci fıkrasında yapılmış ve ilgili madde “(7) 126 ncı madde uyarınca geriye dönük izin verilebilmesi için eşya üzerinde gümrük gözetiminin sona ermemiş olması şartı aranır.” şekilde değiştirilmiştir.
 
Yönetmelikte yapılan son değişiklik ise Denizyolu ile transite ilişkin özel hükümler başlıklı 263 üncü madde de yapılmış ve ilgili maddenin Türk limanına getirilen transit yüklerin yabancı bayraklı gemilerce başka bir ülkemiz limanına ya da yabancı ülke limanlarına transitinin yapılabilmesine dair birinci fıkrasının ikinci ve üçüncü cümleleri yürürlükten kaldırılmıştır.