15.05.2013 tarih ve 28648 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan “Gümrük Yönetmeliği’nde Değişiklik Yapılmasına Dair Yönetmelik” ile gelen değişikliklerden ilki, 11.04.2013 tarihli Torba Kanun ile Gümrük Kanununa eklenen ancak yoruma son derece açık olan “Belirgin bir şekilde farklı cinste bir eşya” hükmünün tanımının ve uygulama şekillerinin Yönetmeliğin 278’nci maddesine eklenmesi hususu olmuştur.
 
Bu değişiklik ile birlikte, Gümrük Kanun’unun 235 ve 236‘ncı maddelerinin beşinci fıkralarında yer alan “belirgin bir şekilde farklı cinste eşya” hükmünün doğru şekilde uygulanabilmesi ve haksız uygulamaların engellenmesi amaçlanmıştır.  
 
Getirilen bir başka değişiklik ise, Yönetmeliğin 181’inci maddesi kapsamında beyannamenin tescil işlemi öncesinde diğer kurumlar tarafından gerçekleştirilen kontroller sonucunda eşyanın insan ve çevre sağlığına zararlı olduğunun tespiti halinde eşyanın Türkiye Gümrük Bölgesinde imha edilemeyeceği yönündeki hükme istisna getirilmiş ve ilgili kurum mevzuatı çerçevesinde söz konusu eşyanın Türkiye Gümrük Bölgesinde imhasına imkân tanınmıştır.
 
Yönetmeliğin 490’uncu maddesinin dördüncü fıkrasındaki değişiklik ile birlikte gümrük vergileri alacağına bağlı idari para cezalarının zamanaşımı, bu idari para cezalarına ilişkin gümrük vergilerinin zamanaşımına tabi olduğu hüküm altına alınmıştır.
 
Yönetmeliğin kap içinde gelen sıvılar ve diğer maddeler başlıklı 347’nci maddesinde yapılan değişiklik ile birlikte gümrük gözetimine engel olmamak koşuluyla ve eşya cinsi de göz önünde bulundurularak, farklı beyanname muhteviyatı eşyanın bir arada istiflenmek suretiyle depolanmasına gümrük idaresince izin verilebileceği hüküm altına alınmıştır.
 
Geçici depolama yeri izinleri ile ilgili 513’üncü maddede yapılan değişiklik ile birlikte ön izinle açılacak geçici depolama yerlerinde, geçici depolama yeri işleticisinin aynı gümrük müdürlüğü denetiminde kapalı alanı bulunan geçici depolama yerinin bulunması ve buranın ihtiyacı karşılaması hallerinde 3.000 m2’lik kapalı alan şartı aranmaması hükme bağlanmıştır.
 
Gümrük Yönetmeliği’nin 529’uncu maddesinde yapılan değişiklik ile genel antrepo işleticilerinin indirimli ve toplu götürü teminattan faydalanabilmelerine ilişkin şartlarda değişikliğe gidilmiştir.
 
Söz konusu şartlar, değişikliklere dair Bakanlık açıklaması, Yönetmelik değişikliklerini içeren “Karşılaştırma Tablosu” ve15.05.2013 tarih ve 28648 sayılı Resmi Gazete ilişikte yer almaktadır.